有媒體報導指出，從2006年起至今的治水預算高達新台幣4,300億元，但成效不彰。對此，經濟部次長曾文生今天(30日)表示該報導的預算數字過度高估，扣除前瞻計畫的水環境預算，其實從2006年起的治水預算為1,870億元。曾文生也表示，南部地區系統性治水起步時間晚，需要更多預算，他請外界多些同理心，「不要從台北看天下」。

熱帶性低氣壓使南部淹水嚴重，有媒體報導指出，自前總統陳水扁時代起，政府編列的治水特別預算已經有4,300億元，但是嘉義、台南和高雄這次還是嚴重淹水。
經濟部次長曾文生30日在行政院會後記者會表示，報導所說的數字過度高估，政府從2006年起推動易淹水地區治理計畫、流域綜合治理計畫等相關治水經費加總約1,870多億左右；前瞻計畫的水環境預算雖編列2,500億元，但去年才開始執行，目前已執行經費不多。
曾文生表示，這些治水預算都在中南部，是因為中央政府在1982年就在台北編列了各式各樣的治水預算共1,600多億；相較之下，台南237億、高雄134億的治水預算還是很低。
曾文生進一步表示，中央政府應該照顧全國，南部需要更多治水預算，他請外界不要「從台北看天下」。他說：『(原音)當然大台北地區是首善之區，在治水上有它的急迫性跟必要性，這些我們都同意，但是大台北地區從民國71年開始陸續進行幾個大型計畫，總共花費是1,600億。我不過是要表達一件事，對中央政府來說，全國都是我們要照顧的地方，南部地區比較容易淹水，需要更多預算去治理，我們希望不要從台北看天下，能夠有點同理心。』
曾文生表示，這次水災24小時的最大降雨量超過莫拉克風災，但淹水面積只有6,185公頃，比莫拉克的5.5萬公頃少很多。他也解釋，政府治水不是迷信工程，目前的方向是朝加強地表滲透率和海綿城市的方向治理，但有時候為了在短時間內確保民眾的生命財產安全，有些工程有其必要。
另外，曾文生也表示，水利署會在2週內提出這次水災的檢討報告；至於前瞻計畫中在縣市管河川及區域排水改善計畫要投入720億，這筆預算考慮做整體滾動檢討。