教育部決定駁回台大校長遴選結果，結果引發傷害「大學自主」的爭議，也有大學校長表態反對教育部的決定。對此，行政院長賴清德今天(2日)表示，台灣社會不會允許政府、政府也不敢傷害「大學自主」；同時，社會也不會接受任何一人以「大學自主」當做護身符、迴避責任。

教育部駁回台大校長遴選結果，不發聘給中研院士、前國發會主委管中閔。對於教育部的做法，清華大學發表「清華宣言」要求教育部收回成命，交通大學校長張懋中也發公開信表示，台大校長遴選案使社會對立，應該加速國立大學法人化。
針對台大校長遴選案所引發的一連串爭議，行政院長賴清德2日受訪時表示，台灣經過多年才有今天的民主制度，台灣社會不允許政府、政府也不敢傷害「大學自主」。不過，賴清德也說，台灣社會也不會接受任何一個人以「大學自主」當做護身符，躲在後面迴避個人責任。賴清德說：『(原音)台灣經過這麼多年，再加上許多人犧牲奉獻，才有今天的民主制度。台灣社會是不會允許政府，政府也不敢去傷害大學自主，同時，社會也不會接受任何一個人以大學自主作為護身符躲在後面，而迴避個人責任。』
賴清德也表示，台大校長遴選案的關鍵在於教育部的准駁，是否依據當選人的適法性及適格性做判斷，他認為這部分可以交由社會公評。賴清德也希望教育部公開向社會說明，社會也應該理性看待此事。
台大自主聯盟要求教育部立即聘任管中閔為台大校長，且賴清德應該為此道歉。對此，賴揆則沒有回應。