台灣籍漁船「大鮪13號」日前兩度遭印尼公務船艦攔截引發各界關注，事實上不只「大鮪13號」，今年已發生7起台灣漁船遭印尼官方登船或入港檢查事件；因此，外交部今天(18日)上午召見駐台北印尼經濟貿易代表處代表羅伯特(Robert James Bintaryo)，對於印尼政府這種可能執法過當的行為表達嚴正抗議，要求印尼政府不要干擾國際航行自由；此外，外交部也呼籲印尼政府與台灣建立海域執法對話機制，除可保護台灣漁民權益外，也能提升台灣與印尼的雙邊合作交流。

台灣籍漁船「大鮪13號」在15日遭印尼執法船隻攔截登檢後隨同入港檢查，查無不法後於16日晚間獲釋，沒想到「大鮪13號」17日下午又被印尼公務船艦再次攔檢，3小時後才放行。
外交部亞太司司長陳文儀18日上午召見印尼駐台代表羅伯特，表達我方嚴正抗議。陳文儀告訴羅伯特，我方可以理解印尼政府加強海上巡邏打擊毒品走私的政策，但根據聯合國海洋法公約有關領海「無害通過」，以及用於國際航行的海峽「過境通行」相關規定，在沒有明確事證前，不能這樣草率登檢。
外交部發言人李憲章說：『(原音)針對印尼政府本年到目前為止，已經7度對我國籍漁船實施登檢或要求入港檢查的作為，而且可能有執法過當的情事表達嚴正抗議；我們強烈要求印尼政府在未有確切事證證明我漁船涉及不法之前，印尼政府妨礙漁船等通過，草率對我船進行登檢扣留，已違反國際慣例，也嚴重干擾國際航行自由。』
不僅如此，印尼政府這類過度執法作為，已造成我漁民恐懼與反彈，外交部之前曾多次向印尼政府嚴正反映，並要求印尼方面儘速向我方提出相關說明，羅伯特同意將立即呈報印尼政府。
外交部再次向印尼強調，共同打擊跨國毒品為國際社會共識，但是保護我廣大漁民權益也是台、印尼雙邊重要議題，建議印尼政府參考我與日本、菲律賓等國洽訂漁業相關協定的成功案例，研議與台灣建立雙邊海域執法對話機制，交換相關情資，建立相互通報程序及聯合執法共識，這樣不僅可以避免類似爭端一再發生，更有助進一步提升雙邊實質合作交流。