農委會、經濟部和內政部等跨部會，去年確認新政府520上任之後，興建完工或正在興建中的農地違規工廠，將予以拆除，第一波優先執行名單確認有17件，目前已經拆除5件。不過，由於全台違規工廠上萬家，2個月來才拆除5件，也讓外界質疑成效。農委會和內政部今天(4日)都表示，拆農地違規工廠主要目的是先止血，讓工廠不會再進駐於農地，如此農地不再流失，才有辦法搭配未來國土計畫的劃設。

包括農委會、內政部和經濟部組成跨部會專案小組，執行「保護農地-拆除農地上新增違規工廠」行動方案，去年10月經過行政院核定後，陸續執行拆除作業，目前已經完成高雄市和台南市各2件、嘉義縣1件的農地違規工廠拆除，跨部會小組也於4日向外界說明執行最新進度。
由於全台有將近1.3萬公頃農地，遭上萬家違規工廠進駐，但2個月來，跨部會小組才拆除5件，也讓外界質疑拆農地工廠是做半套。農委會副主委陳吉仲坦承，農地違規工廠由來已久，有些已達到群聚，不可能全部拆除，因此目前要做的，就是先止血，讓農地不再有工廠進駐而流失，後續也才能搭配國土計畫的劃設。陳吉仲說：『(原音)所以這個行動方案的重點，並不是把在1萬3千公頃農地上所有的違規工廠拆除完，而是針對我們的農地，不可能讓你未來的違規工廠進來進駐，所以才會鎖定前年520開始所有的違規工廠，我們進來拆除，這是行動方案的重要目標。』
內政部次長花敬群也表示，這次行動方案，只要是前年520之後新政府上任，不管是正在施工中或是已完工的農地工廠，只要經過提報，就會拆除，農曆年後還會公布第二波的執行名單。他也指出，未來在國土計畫中，農地上的違規工廠，如果是具高度污染，就會強制搬遷到工業區或產業園區，至於如果是農業加工的產業，就會劃設為第四種農業區。他也強調，這絕不是讓農地工廠就地合法，未來這些工廠都得搭配像是補償金或是建置公共設施的回饋計畫，必須付出代價。