針對媒體報導指台日關係協會明年增加預算有可能是為會長邱義仁加薪的內容，外交部今天(11日)表示，增加的預算是為了台、日交流合作活動，但邱義仁的薪資是編列在「委辦經費」項目，這個項目的明年預算並未增編，所以，外界指稱邱義仁明年加薪的說法與事實不符。
外交部指出，台日關係協會今年的經費總額共新台幣2,515萬1千元，明年編列的預算是2,788萬3千元，總計增編273萬2千元，這些經費都是用來因應台日間雙邊經貿會談、海洋合作、政要互訪，以及國際學術合作等活動。
關於邱義仁「不顧本業」的批評，外交部回應說，台日關係協會過去1年來辦理台日海洋事務合作對話、台日經貿會議、亞東關係協會更名等工作，且今年1月至8月共計接待副大臣1名、國會議員37人、知事14人、副知事6人訪台交流，另外協助我方22位高層官員、9位立法委員及12位縣市長赴日考察訪問，工作績效良好。