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台南市區鐵路地下化工程開工2年多，最近遇到瓶頸，主因是台南車站工程2度流標，交通部鐵道局評估2024年6月的完工期恐難如期達成，近期將檢討修正延後。
台南鐵路地下化北起台南市大橋車站南端，南至大林路平交道以南約0.6公里，全長8.23公里，目前計畫完工期為2024年6月。
台南鐵路地下化共分4個標案執行，其中台南北段、林森南路站路段、南台南站路段都已發包施工。台南車站地下化工程5日開資格標，無廠商投標而流標，7日再次公告，14日開資格標，投標廠商仍掛零。鐵道局26日邀廠商開說明會，廠商反應無意願投標的原因，主要是預算與工期。
鐵道局近期將重新檢討預算與工期，評估目前2024年6月的完工期應該會調整延後，但會延到何時，還未確定，希望9月能重新公告再招標。
台南鐵路地下化是繼台北與高雄鐵路地下化後，第3個進行鐵路地下化的都市，主要因應台鐵轉型及台南車站地區都市更新發展、消除鐵路對市區的阻隔、疏解日益嚴重的都市交通、整合都會區運輸系統而辦理。
現有台南火車站屬於古蹟，台南鐵路地下化後將與第一月台同時被保留，交由台鐵活化利用，另在東側新建地下隧道與站體。